Postdoktorandin / Postdoktorand (d/w/m) Mikrobiom - Bioinformatik, Metagenomik und Metaproteomik
Eintrittsdatum
schnellst möglich
Bewerbungsfrist
13.02.2026
Kennziffer
6278
Entgeltgruppe
E13
Arbeiten an der Charité
Das Ralser-Labor an der Charité – Universitätsmedizin Berlin erforscht, wie Zellen ihren Stoffwechsel im großen Maßstab steuern. Mit Fokus auf Hefe untersuchen wir mithilfe funktioneller Genomik und moderner Massenspektrometrie die Wechselwirkungen zwischen Genen und Stoffwechselwegen. Unser Ziel ist es, grundlegende Prinzipien des Stoffwechsels zu entschlüsseln, die für Krebsforschung, Immunologie, Stoffwechselerkrankungen und die klinische Diagnostik relevant sind.
Im Rahmen des Exzellenzclusters ImmunoPreCept erforschen wir, wie kommensale Pilze, insbesondere Candida albicans, das Immunsystem prägen und zu entzündlichen Erkrankungen wie chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen (IBD) beitragen. Wir kombinieren Proteomik, Genomik und computergestützte Methoden und nutzen umfangreiche Ressourcen, darunter prospektive Patientenkohorten, eine Sammlung von 1.800 C.-albicans-Stämmen sowie modernste Proteomik-Technologien.
Die Stelle im Überblick
In diesem Projekt konzentrieren wir uns auf Mikrobiome im Allgemeinen und auf kommensale Hefen sowie auf chronisch-entzündliche Darmerkrankungen (CED). Mithilfe von Metagenomik und Metaproteomik wollen wir kommensale Pilze, wie beispielsweise den von der WHO priorisierten Krankheitserreger Candida albicans, identifizieren, das Immunsystem trainieren und den Krankheitsverlauf bei entzündlichen Erkrankungen zu beeinflussen.
- Sie werden modernste computergestützte Verfahren entwickeln und anwenden:
- Um das menschliche Mykobiom durch die Reanalyse metagenomischer Datensätze und die Verarbeitung klinischer Proben zu kartieren und so die Vielfalt der Hefespezies und -stämme zu identifizieren
- Um Multi-Omics-Daten (Zusammensetzung von Myko- und Mikrobiom, Metaproteomik, Genomik, Immunphänotypen) zu integrieren und verbesserte Strategien zur Metaproteomik-Datenanalyse zu unterstützen
- Um Prädiktoren zur Identifizierung wichtiger Pilz- und Wirtseigenschaften zu entwickeln, die die Resilienz bzw. Anfälligkeit gegenüber Entzündungen bestimmen
- Um standardisierte Bioinformatik-Pipelines für die Pilzextraktion, Metaproteomik und Stammcharakterisierung zu etablieren und dabei mit Laborforschern, Immunologen und Klinikern zusammenzuarbeiten
- Sie werden als wissenschaftliche Mitarbeiterin / wissenschaftlicher Mitarbeiter beschäftigt: Nach §110 (4) Satz 3 sieht das BerlHG für wissenschaftliche Mitarbeitende eine angemessene Zeit innerhalb der Arbeitszeit für die eigene wissenschaftliche Weiterqualifikation vor
Danach suchen wir
- Promotion in Bioinformatik, Computationale Biologie, Systembiologie oder einem verwandten quantitativen Fachgebiet
- Erfahrung in der Mikrobiom-Datenanalyse (Metagenomik/Amplikon-Sequenzierung) und Genomanalyse (Assemblierung, Annotation, vergleichende Genomik)
- Fundierte Programmierkenntnisse in Python und R, sicherer Umgang mit komplexen bioinformatischen Arbeitsabläufen
- Ausgeprägte Kommunikationsfähigkeit, Teamfähigkeit und nachgewiesene Publikationstätigkeit
- Fähigkeit zum selbstständigen Arbeiten und zur Zusammenarbeit mit anderen Forschungsgruppen
Das bringt die Charité mit
- Integration in ein großes, interdisziplinäres Team mit Schwerpunkt auf Proteomik, Proteomdatenanalyse und Mikrobiomforschung
- Direkte Möglichkeit zur translationalen Forschung mit Zugang zu IBD-Patientenkohorten, einer umfangreichen Sammlung von Candida-albicans-Stämmen sowie modernsten Proteomik- und Einzelzellplattformen
- Interdisziplinäre Zusammenarbeit im Exzellenzcluster ImmunoPreCept an einer der größten forschungsstärksten medizinischen Universitäten Europas
- Zugang zu Hochdurchsatztechnologie, umfassenden Schulungen und Möglichkeiten zur beruflichen Weiterentwicklung
- Hohe Eigenverantwortung und Spielraum für eigenständige Forschung
Wichtige Informationen zur Stelle
- Entgeltgruppe E13 TVöD VKA-K. Die jeweilige Erfahrungsstufe errechnet sich aus den geleisteten Berufsjahren. Das Monatsgehalt (brutto) ist für eine Vollzeitstelle ohne Jahressonderzahlung und Zulagen angegeben. Den Tarifvertrag finden Sie hier hier
- Die Arbeitszeit ist in Vollzeit mit 38,5 Stunden / Woche vorgesehen
- Diese Position ist bis zum 31.01.2028 befristet, da sie an eine Projektlaufzeit gebunden ist
- Bei uns sind 30 Tage Urlaub Standard
- Die Bewerbungsfrist endet am: 13.02.2026
- Kennziffer: 6278
Bewerbung
An der Charité sind alle willkommen, unabhängig von Alter, Religion, Geschlecht, geschlechtlicher Identität, sexueller Orientierung, Nationalität, Behinderung, ethnischer oder sozialer Herkunft. Hier zählt jeder Mensch! Wir setzen uns für Chancengleichheit und Inklusion ein.
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Jetzt bewerbenBei Fragen wenden Sie sich bitte an
Prof. Markus Ralser
markus.ralser@charite.de
Dr. Alexandra Katharina Marr
alexandra-katharina.marr@charite.de
Weitere Informationen
Datenschutzhinweise
Die Charité weist darauf hin, dass im Rahmen und zu Zwecken des Bewerbungsverfahrens an verschiedenen Stellen in der Charité (z.B. Fachbereich, Personalvertretung, Personalabteilung) personenbezogene Daten gespeichert und verarbeitet werden. Weiterhin können die Daten innerhalb des Konzerns sowie an Stellen außerhalb (z.B. Behörden) zur Wahrung berechtigter Interessen übermittelt bzw. verarbeitet werden. Mit Ihrer Bewerbung stimmen Sie unseren Datenschutz- und Nutzungsbestimmungen für Bewerbungsverfahren, die Sie hier finden, zu.
Zusatzinformationen
Die Charité – Universitätsmedizin Berlin trifft ihre Personalentscheidungen nach Eignung, Befähigung und fachlicher Leistung. Die Charité strebt eine Erhöhung des Anteils von Frauen in Führungspositionen an und fordert Frauen daher nachdrücklich auf, sich zu bewerben. Bei gleichwertiger Qualifikation werden Frauen im Rahmen der rechtlichen Möglichkeiten vorrangig berücksichtigt. Bewerbungen von Menschen mit Migrationshintergrund, die die Einstellungsvoraussetzungen erfüllen, sind ausdrücklich erwünscht. Schwerbehinderte Bewerber:innen werden bei gleicher Qualifikation bevorzugt. Bei der Einstellung wird ein polizeiliches Führungszeugnis, teilweise ein erweitertes Führungszeugnis verlangt. Die Bewerbungsunterlagen können leider nur dann zurückgeschickt werden, wenn ein ausreichend frankierter Rückumschlag beigefügt ist. Eventuell anfallende Reisekosten können nicht erstattet werden.