Bioinformatikerin / Bioinformatiker (d/w/m)

Charite IT Motiv 3 - Projekte mit Sinn, die in Berlin den Unterschied machen.

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Arbeitszeit
Teilzeit

Eintrittsdatum
Ab sofort

Dauer der Anstellung
Befristet

Bewerbungsfrist
21.01.2026

Einsatzort Charité
Campus Virchow-Klinikum, Wedding

Kennziffer
6065

Entgeltgruppe
E13

Arbeiten an der Charité

Im Rahmen des vom Bundesministerium für Bildung und Forschung geförderten Projekts xG-RIC („Next Generation Communication Networks Research and Innovation Cluster“) arbeiten wir gemeinsam mit dem Fraunhofer Heinrich-Hertz-Institut (HHI) an der Entwicklung innovativer 6G-Anwendungen für den medizinischen Bereich. Ein zentrales Forschungsziel ist die Entwicklung von dynamischen Digitalen Zwillingen für komplexe klinische Szenarien – etwa beim Schock, akuten Lungenversagen (ARDS) oder Post-Intensive-Care-Syndrom (PICS). Diese Digitalen Zwillinge sollen interoperable Echtzeitdaten und KI-gestützte Analytik nutzen, um physiologische und pathologische Zustände präzise zu modellieren, zu simulieren und zukünftige Entwicklungen vorherzusagen. Weiteres Forschungsziel ist die Integration kabel-loser IoT-Systeme mit gegenwärtigen Monitoringsystemen auf der Intensivstation, um die mit konventioneller Überwachung einhergehenden Einschränkungen der Immobilität zu reduzieren, zirkadiane Störungen zu behandeln und hämodynamische Risiken präziser zu erfassen. Schließlich soll eine mobile, datengestützte Nachsorge nach intensivstationärer Therapie weiterentwickelt werden, um frühzeitig postintensivmedizinische Genesungsstörungen zu erkennen und zu behandeln. Mit diesen drei Forschungszielen können klinische Prozesse und Behandlungsstrategien datenbasiert verbessert werden. Die technologischen Grundlagen – ultraniedrige Latenz, hohe Konnektivität und verteilte Intelligenz – werden im Projekt xG-RIC exploriert und deren Nutzung in der Medizin in Form oben genannter Anwendungsfälle erforscht.

Die Stelle im Überblick

Mitarbeit an der Entwicklung, Integration und Analyse von bioinformatischen ML und KI-basierten Modellen im Rahmen des Projekts xG-RIC
Konzeption, Aufbau und Pflege von Datenpipelines zur Verarbeitung und Analyse klinischer Echtzeit- und Sensordaten
Entwicklung von Methoden zur Kopplung biomedizinischer Datenströme mit digitalen Zwillingen (z. B. Vitalparameter, Bildgebung, Labordaten)
Mitarbeit an der Erstellung von Simulationsumgebungen zur Abbildung von Patientenzuständen und Krankenhausprozessen
Unterstützung bei der Implementierung verteilter KI-Modelle (Edge-/Cloud-Computing) in Kooperation mit Informatik- und Ingenieurteams
Datenintegration von IoT und Monitoring Systemen auf Intensivstationen
Unterstützung bei der Entwicklung einer mobilen, datengestützten Nachsorge nach intensivstationärer Therapie
Sicherstellung von Datenqualität, Reproduzierbarkeit und FAIR-konformer Dokumentation
Mitwirkung bei wissenschaftlichen Publikationen und Präsentationen

Danach suchen wir

Abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Bachelor oder Diplom) in Bioinformatik, Informatik mit Schwerpunkt Bioinformatik, Biomathematik, Computational Biology oder vergleichbar - Masterabschluss muss bei Vertragsunterzeichnung vorliegen
Erfahrung mit international anerkannten semantischen und syntaktischen Standards im Gesundheitswesen (z. B. HL7 FHIR, LOINC, SNOMED CT, ICD, OMOP) sowie Verständnis für deren Anwendung in interoperablen Systemarchitekturen.
Erfahrung in der Integration von Daten- und Service-Ökosystemen für Digital-Twin-Anwendungen
Erfahrung in der Entwicklung von Skripten und Pipelines zur Datenintegration und Echtzeitkommunikation-Dokumentation
Erfahrung im Bereich Maschinelles Lernen zur Detektion von hochauflösenden Signalen
Programmierung & Analyse: Python (NumPy, Pandas, Matplotlib, Seaborn, SciPy, scikit-learn), R (tidyverse, ggplot2), SQL
Datenanalyse & Tools: Dashboard-Erstellung (Superset), Datenvisualisierung, statistische Modellierung, REDCap-Datenbankmanagement
Cloud & Systeme: Linux, Git, Docker, AWS
NGS & Bioinformatik: FASTQ, BAM, VCF, Variant Calling, Annotation, Single-Cell RNA-seq (Seurat, Scanpy)
Wünschenswert ist eine PhD-Bereitschaft
Ausgeprägte Teamfähigkeit und hohe Flexibilität verbunden mit einem herausragenden Engagement
Empathie gegenüber Patientinnen / Patienten und Angehörigen
Sehr gute Kommunikationsfähigkeiten in Deutsch und Englisch

Wünschenswert:

Erfahrungen mit Echtzeitdaten, Sensordaten oder Streaming-Plattformen
Kenntnisse in der Modellierung oder Simulation biologischer Systeme (z. B. Systembiologie, physiologische Modelle)
Vertrautheit mit Cloud- oder Edge-Computing-Infrastrukturen
Grundverständnis von Netzwerktechnologien (z. B. 5G/6G-Kommunikation)
Erste Erfahrung in Forschungsprojekten mit medizinischem oder technologischem Schwerpunkt

Das bringt die Charité mit

Eine spannende Tätigkeit an der Schnittstelle von Biomedizin, KI und KommunikationstechnologienMitarbeit in einem interdisziplinären und national sichtbaren Innovationscluster
Möglichkeit, modernste 6G-Technologien aktiv in die Medizin der Zukunft zu überführen
Exzellente technische Infrastruktur und enge Zusammenarbeit mit führenden Forschungsinstituten (z. B. Fraunhofer HHI)
Weiterbildungsmöglichkeiten und aktive Unterstützung bei wissenschaftlichen Qualifikationen (Promotion möglich)
Der Mitarbeiterin / dem Mitarbeiter wird nach §110 BerlHG Zeit für die eigene wissenschaftliche Qualifikation zur Verfügung gestellt

Informationen zur Stelle

Entgeltgruppe E13 TVöD. Hier finden Sie alle Informationen zum Gehalt und Tarifvertrag
Teilzeitstelle mit 30,8 Wochenstunden
Die Position ist bis zum 31.12.2027 befristet, da sie an die Projektlaufzeit gebunden ist
Bei uns sind 30 Tage Urlaub Standard
Die Bewerbungsfrist endet am 21.01.2026
Kennziffer 6065

Bewerbung

An der Charité sind alle willkommen, unabhängig von Alter, Religion, Geschlecht, geschlechtlicher Identität, sexueller Orientierung, Nationalität, Behinderung, ethnischer oder sozialer Herkunft. Hier zählt jeder Mensch! Wir setzen uns für Chancengleichheit und Inklusion ein.

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Bei Fragen wenden Sie sich bitte an:

claudia.spies@charite.de

Weitere Informationen

Datenschutzhinweise

Die Charité weist darauf hin, dass im Rahmen und zu Zwecken des Bewerbungsverfahrens an verschiedenen Stellen in der Charité (z.B. Fachbereich, Personalvertretung, Personalabteilung) personenbezogene Daten gespeichert und verarbeitet werden. Weiterhin können die Daten innerhalb des Konzerns sowie an Stellen außerhalb (z.B. Behörden) zur Wahrung berechtigter Interessen übermittelt bzw. verarbeitet werden. Mit Ihrer Bewerbung stimmen Sie unseren Datenschutz- und Nutzungsbestimmungen für Bewerbungsverfahren, die Sie hier finden, zu.

Zusatzinformationen

Die Charité – Universitätsmedizin Berlin trifft ihre Personalentscheidungen nach Eignung, Befähigung und fachlicher Leistung. Die Charité strebt eine Erhöhung des Anteils von Frauen in Führungspositionen an und fordert Frauen daher nachdrücklich auf, sich zu bewerben. Bei gleichwertiger Qualifikation werden Frauen im Rahmen der rechtlichen Möglichkeiten vorrangig berücksichtigt. Bewerbungen von Menschen mit Migrationshintergrund, die die Einstellungsvoraussetzungen erfüllen, sind ausdrücklich erwünscht. Schwerbehinderte Bewerber:innen werden bei gleicher Qualifikation bevorzugt. Bei der Einstellung wird ein polizeiliches Führungszeugnis, teilweise ein erweitertes Führungszeugnis verlangt. Die Bewerbungsunterlagen können leider nur dann zurückgeschickt werden, wenn ein ausreichend frankierter Rückumschlag beigefügt ist. Eventuell anfallende Reisekosten können nicht erstattet werden.