Please note: This job posting is only available in German.
Omics Data Engineer (d/w/m)
Omics Data Engineer (d/w/m)
Arbeitszeit
Vollzeit
Eintrittsdatum
01.03.2025
Dauer der Anstellung
Befristet
Bewerbungsfrist
19.02.2024
Jobcode
4281
Entgeltgruppe
E13
Unternehmensbeschreibung
Die Mission des Berlin Institute of Health in der Charité (BIH) ist die medizinische Translation: Erkenntnisse aus der biomedizinischen Forschung werden in neue Ansätze zur personalisierten Vorhersage, Prävention, Diagnostik und Therapie übertragen, umgekehrt führen Beobachtungen im klinischen Alltag zu neuen Forschungsideen. Ziel ist es, einen relevanten medizinischen Nutzen für Patient*innen und Bürger*innen zu erreichen. Seit 2021 ist das BIH als dritte Säule in die Charité integriert, als Translationsforschungsbereich der Charité.
Wir suchen für das Team CUBI-HPC von Prof. Dr. Dieter Beule zum 01.03.2025 befristet bis zum 31.12.2025 eine*n Omics Data Engineer (w/m/d) in Vollzeit (38,5h/Woche).
Die BIH-HPC Unit sucht eine motivierte, detailorientierte Person zur Vertretung. Du bist verantwortlich für die Entwicklung und den Betrieb von Software und Systemen, welche die Datenflüsse und -verarbeitung von Omics-Daten (Genomics, Proteomics, Metabolomics,…) in der translationalen Forschung steuern. Unser Team begeistert sich für effektive und effiziente Datenverarbeitung zur Transformation von Daten in klinisch umsetzbare Ergebnisse. Der/die ideale Kandidat/in ist ein/e Teamplayer/in und besitzt ein umfassendes Verständnis von Omics-Rohdaten, Omics-Datenverarbeitung und DevOps Systembetrieb. Wir sind Teil der relevanten nationalen Forschungsdateninfrastrukturen, insbesondere in NFDI-GHGA und als Genomrechenzentrum (GRZ) im Modellvorhaben Genomsequenzierung. Du wirst in einem internationalen Team in einem modernen Büro in Berlin Mitte arbeiten.
Das erwartet Sie
- Entwicklung, Bereitstellung und Wartung von Software und Systemen zur Unterstützung und Automatisierung der Datenflüsse, der Verarbeitung, Speicherung und Organisation von Daten in jedem Schritt des Datenlebenszyklus
- Engineering (Entwicklung, Dokumentation, Verbreitung und Verfeinerung) zuverlässiger und konformer Datenflüssen sowie System-Deployment und -Monitoring
- Koordination von Projekten mit den datenerzeugenden Facilities, der Core Unit Bioinformatics und den Endnutzern (Medizinische Genetik, Krebszentrum, Pathologie, Forschungsgruppen, ...), Support für Endnutzer, Koordination mit der zentralen IT bzgl. Netzwerk, Firewall und RZ-Themen.
- Fehlerbehebung einschließlich Ursachenanalyse von Problemen mit Datenflüssen und Datenverarbeitung, die sich über mehrere Einheiten und Organisationen erstrecken, zusammen mit Teammitgliedern der beteiligten Einheiten
Das bringen Sie mit
- MSc in Informatik, Bioinformatik oder gleichwertig, relevante Promotion ist von Vorteil
- Detailierte Kenntnisse von Omics-Daten, -Dateiformaten und -Verarbeitung erwünscht
- Hervorragende Programmierkenntnisse in Bash und Python notwendig, Erfahrung mit REST-basierten APIs erwünscht
- Nachgewiesene Fähigkeit, gut gestalteten und dokumentierten Code zu erstellen, gute Kenntnisse in git, Software-Engineering und Testautomatisierung erforderlich; tiefgreifendes Verständnis von modernem System-Deployment und -Monitoring erwartet.
- Erfahrung ceph und openstack notwendig, Erfahrung mit der iRODS ist von Vorteil
- Tiefgreifendes Verständnis von Linux/Slurm-Clusterumgebung notwendig, umfassende Erfahrung im Linux-Betreib und
- Troubleshooting erforderlich
- Erfahrung mit Linux-Netzwerken erforderlich, Erfahrung mit Firewall- und Switch-Konfiguration ist von Vorteil
- Teamplayer mit guten Deutsch und Englisch Kenntnissen
Das bieten wir Ihnen
- Eine abwechslungsreiche Tätigkeit in einem zukunftsweisenden Forschungsinstitut
- Entgeltgruppe E13 TVöD VKA-K. Die Eingruppierung erfolgt unter Berücksichtigung der Qualifikation, die jeweilige Erfahrungsstufe errechnet sich aus der Berufserfahrung. Das Jahresgehalt (brutto) ist für eine Vollzeitstelle ohne Sonder- oder Zusatzzahlungen angegeben. Den Tarifvertrag finden Sie hier
- Zusätzliche im öffentlichen Dienst übliche Leistungen (u.a. Jahressonderzahlung, betriebliche Altersvorsorge (VBL), vermögenswirksame Leistungen)
- Flexible Arbeitszeiten und Möglichkeit des mobilen Arbeitens
- 30 Urlaubstage pro Jahr (bei einer Fünf-Tage-Woche)
- Diverse Unterstützungsangebote um Berufsleben und Familie zu vereinbaren (Kinderbetreuung, Kooperation mit voiio)
- Sehr gute Fort- und Weiterbildungsmöglichkeiten
- Mobiles Bürgeramt vor Ort
- Corporate Benefits (Reisen, Freizeit, Shopping uvm.), Charité Gympass, JobRad
- Sehr gut erreichbarer und attraktiver Arbeitsplatz am Rahel Hirsch Center for Translational Medicine, Luisenstr. 65, 10117 Berlin
Wir leben Vielfalt!
Wir freuen uns über Bewerbungen von Menschen mit vielfältigen Hintergründen, unabhängig von Geschlecht, Nationalität, ethnischer und sozialer Herkunft, Religion und Weltanschauung, Behinderung, Alter sowie sexueller Orientierung und Identität. Bewerbungen von Frauen sind ausdrücklich erwünscht. Schwerbehinderte und diesen gleichgestellte Bewerber*innen werden bei gleicher Qualifikation und Eignung besonders berücksichtigt.
Wir sind davon überzeugt, dass vielfältige Teams, die ein breites Spektrum an Erfahrungen, Perspektiven und Hintergründen repräsentieren, unsere Forschung und Arbeit bereichern.
Bitte reichen Sie Ihre aussagekräftige Bewerbung über unser Online-Bewerbungsformular mit Motivationsschreiben, Lebenslauf (ohne Foto, ohne Altersangabe und ohne Informationen über Ihren Familienstand) und weitere relevante Anlagen (wie Arbeitgeberzeugnisse, Abschlusszeugnisse etc.) bis zum 19.02.2025 unter Angabe der Kennziffer 4281 ein.
Hinweis: Haben Sie einen ausländischen Abschluss, reichen Sie bitte einen Nachweis über die Anerkennung Ihres Abschlusses in Deutschland mit der Bewerbung ein. Der Nachweis kann über die Datenbank anabin ermittelt werden. Wir weisen auf die eventuelle Notwendigkeit der Ausstellung einer Zeugnisbewertung der ZAB hin. Mehr Informationen finden Sie hier.
Einstellungsvoraussetzung für nach 1970 Geborene ist der Nachweis der Masernimmunität / Masernschutzimpfung.
Nähere Informationen zum BIH finden Sie hier.
Application
Apply using our online tool and become part of the Charité.
Apply nowAnsprechperson
Für fachliche Rückfragen zur Stellenausschreibung steht Ihnen Herr Prof. Dr. Dieter Beule (E-Mail: dieter.beule@bih-charite.de) gerne zur Verfügung.
More information
Data protection information
The Charité would like to point out that personal data is stored and processed at various locations at the Charité premises (e.g. specialty department, personnel representatives, HR department) as part of and for the purposes of the application process. Furthermore, the data may be transferred or processed within the group and to external bodies (e.g. authorities) to protect legitimate interests. By submitting your application, you agree to our data protection policy and terms of use for application procedures, which you can find here.
Additional information
Charité – Universitätsmedizin Berlin makes its personnel decisions based on suitability, ability and professional performance. The Charité aims to increase the proportion of women in management positions and therefore strongly encourages women to apply. Women with equivalent qualifications will be given priority within the scope of legal possibilities. Applications from people with a migration background who meet the recruitment requirements are expressly encouraged. Severely disabled applicants with equal qualifications will be given preference. A police good-conduct certificate, in some cases an extended good-conduct certificate, is required at the time of recruitment. Unfortunately, application documents can be returned only if a sufficiently stamped envelope is enclosed. Any incurred travel expenses cannot be reimbursed.